O pro­grama TOPA é com­posto por uma co­or­de­nação geral, quatro sub­co­or­de­na­ções: Mo­ni­to­ra­mento; Fi­nan­ceiro; Sis­temas e Pe­da­gó­gico, uma se­cre­taria geral e 32 su­per­vi­sores re­gi­o­nais dis­tri­buídos em cada uma das DIREC.

A ope­ra­ci­o­na­li­zação se dá através dos co­or­de­na­dores de turmas, al­fa­be­ti­za­dores e tra­du­tores-in­tér­pretes de li­bras, ambos bol­sistas vo­lun­tá­rios. Esses bol­sistas passam por um pro­cesso se­le­tivo e de for­mação in­terno e são for­mados pelas Uni­ver­si­dades pú­blicas e pri­vadas, par­ceiras do Pro­grama.

O pro­grama tem du­ração de 08 meses, ou 360h/aula As aulas acon­tecem de 2ª a 5ª, com 2,5h/aula ou de 2ª a 6ª com 2h/aula. As es­pe­ci­fi­ci­dades das co­mu­ni­dades são tra­tadas caso a caso.

Cada bol­sista-al­fa­be­ti­zador pode ter no mí­nimo 08 turmas, com no mí­nimo 10 alunos cada – se zona rural e, 10 turmas, com no mí­nimo 20 alunos cada – se zona ur­bana. O bol­sista tra­dutor in­tér­prete de li­bras, pode acom­pa­nhar até 03 al­fa­be­ti­zando por turma.

Men­sal­mente os téc­nicos da SEC e su­per­vi­sores re­gi­o­nais fazem vi­sitas de mo­ni­to­ra­mento aos mu­ni­cí­pios, vi­si­tando turmas dos mo­vi­mentos so­ciais e pre­fei­turas – ve­ri­fi­cando se as turmas estão fun­ci­o­nando dentro do pla­ne­jado res­pei­tando as Ori­en­ta­ções do Pro­grama e a Re­so­lução do MEC que rege o fun­ci­o­na­mento das turmas. Essas Re­so­lu­ções são atu­a­li­zadas anu­al­mente.